Najstarsza wzmianka o istnieniu cerkwi prawosławnej w Kobylanach pochodzi z 1519 r. Niespełna dwadzieścia lat później odnotowano, że obiekt był siedzibą parafii tego wyznania. W 1620 r. cerkiew stała się świątynią unicką.

W protokole wizytacyjnym unickiego biskupa chełmskiego z 1726 r. zawarto jej pierwszy opis. Według informacji została zbudowana z drzewa sosnowego. Posiadała trójdzielną konstrukcję składającą się z prezbiterium, nawy i babińca (przedsionka). Taki układ odpowiadał teologicznemu podziałowi wszechświata na przestrzeń boską, ludzi którzy tam dążą oraz grzeszników. Nad przedsionkiem umiejscowiono dzwonnicę, a pokryty gontem dach wieńczyły dwa krzyże. Wskutek likwidacji chełmskiej  diecezji unickiej w 1875 r. kobylańska świątynia powróciła we władanie Kościoła Prawosławnego. W 1886 r. cerkiew została prowizorycznie odnowiona: wzmocniono konstrukcję ścian i dachu, a wnętrze ozdobiono skromną dekoracją malarską.

W 1892 r. na potrzeby parafii wybudowano z cegły nową świątynię. Autorem projektu był Wiktor Syczugow – członek Carskiej Akademii Sztuk Pięknych. Tegoż samego roku tj. 25 września poświęcił ją lubelski biskup Flawian. Nowa cerkiew została wzniesiona w stylu neoruskim: na planie kwadratu, z trójdzielnym układem, czteropołaciowym dachem zwieńczonym cebulastą kopułą,  prostokątnym przedsionkiem z dzwonnicą i namiotowym dachem również zwieńczonym cebulastą kopułką. Boniowanie (dekoracyjne opracowanie krawędzi i lica kamienia) na cokole i ścianach oraz gzymsy miały zwiększyć wrażenie monumentalności budowli.

Cerkiew pw. Matki Boskiej Pokrowskiej Orędowniczki w Kobylanach należy do grupy 11 świątyń, które w latach 80-tych i 90-tych XIX w. zaprojektował Wiktor Syczugow. Wraz z cerkwią w Tarnawatce wyróżnia się na tle pozostałych większymi rozmiarami oraz niemal kwadratowym planem nawy.

Pod koniec XX w. liczne remonty i przebudowy zatarły jej pierwotny charakter. Dopiero ostatni, generalny remont z lata 2014 – 16 przywrócił świątyni dawny blask. W 2017r. Wojewódzki Konserwator Zabytków w Lublinie przyznał parafii w Kobylanach Laur Konserwatorski za najlepiej odrestaurowany zabytek.

Dziś więc możemy podziwiać piękno cerkwi w całej krasie, jednocześnie odnajdując w bryle zawartą koncepcję teologiczną religii prawosławnej. To niezwykle interesujący zabytek oraz świadek burzliwej historii ostatnich wieków. To także kolejny pomnik świadczący o bogatym i wielkokulturowym charakterze tych ziem.